Được thành lập vào năm 1956 với tên gọi ban đầu là vườn quốc gia Tshuapa. Ranh giới như hiện tại của vườn quốc gia được thông qua sắc lệnh của tổng thống Mobutu Sese Seko năm 1970. Năm 1984, vườn quốc gia được UNESCO công nhận là Di sản thế giới.[1] Tuy nhiên, do cuộc nội chiến kéo dài ở phía đông đất nước khiến vườn quốc gia này bị đe dọa và nó bị liệt vào Danh sách di sản thế giới bị đe dọa từ năm 1999.

Vườn quốc gia được quản lý bởi Viện Bảo tồn thiên nhiên Cộng hòa Dân chủ Congo và Quỹ Quốc tế Bảo vệ Thiên nhiên kể từ năm 2015. Một sự hợp tác mạnh mẽ tồn tại giữa những người bảo vệ vườn quốc gia và người Iyaelima, với việc các ngôi làng Iyaelima được sử dụng làm đồn bảo vệ. Được biết mật độ Tinh tinh lùn cao nhất xung quanh các làng Iyaelima không gây ra mối đe dọa nào cho các loài biểu tượng của vườn quốc gia.